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北京大学设有人文、理学、社会科学、信息与工程、医学5个学部,共计62个直属院系。
其中,理学部包括数学科学学院、物理学院、化学与分子工程学院、生命科学学院、城市与环境学院、地球与空间科学学院、心理学系、建筑与景观设计学院等;
信息与工程科学部包括信息科学技术学院、工学院、计算机科学技术研究所、软件与微电子学院、环境科学与工程学院等;
人文学部包括中国语言文学系、历史学系、考古文博学院、哲学系(宗教学系)、外国语学院、艺术学院、对外汉语教育学院、歌剧研究院等;
社会科学部包括国际关系学院、经济学院、光华管理学院、法学院、信息管理系、社会学系、政府管理学院、马克思主义学院、教育学等;
医学部包括基础医学院、药学院、护理学院等。此外,北京大学还有城市与环境学院、现代农学院(筹)、新闻与传播学院等。